После проверки исполнения бюджета в 2019 году Счетная палата выявила у Федерального казначейства нарушений на 1,2 млрд рублей. Проблемы нашли, в том числе при проведении госзакупок.

Согласно отчету Счетной палаты, в целом качество финансового менеджмента Казначейства повысилось по сравнению с 2018 годом, однако качество управления госфинансами в ведомстве оценили в 38,5 балла из 50 максимально возможных. Также Счетная палата отмечает, что работа Казначейства плохо автоматизирована, а осуществление значительного числа операций работниками вручную может приводить к ошибкам. 

Среди часто встречающихся ошибок значатся дублирование размещаемых платежных документов, некорректное отражение номера и даты соглашений, несоответствие объемов субсидий между реестровыми записями и запланированными в нормативно-правовых актах. Так, «Центры по обеспечению деятельности казначейств», в том числе в регионах, несвоевременно публиковали в ЕИС протоколы проведения торгов и извещения о проведении аукционов. По одному из контрактов заказчик не истребовал неустойку за просрочку и ненадлежащее исполнение обязательств.